L'histoire se situe dans la mer des Caraibes. Le capitaine Jack Sparrow, pirate, est à la barre de la légendaire Perle Noire. Il vient de quitter Port Royal, où vit dorénavant Elizabeth Swan et Will Turner, du moins pour le moment.
La compagnie des Indes, écoeurée de devoir marchander avec les pirates, décréta que tout pirates ou toute personne en collaboration avec eux, devait être châtiée par la mort.
Une guerre pour la survie des pirates serait sur le point de s'enclancher.